A feltételezések szerint az erőd első falait még 1260 körül rakták le. Az első írásos emlék 1294-ből való. A Soklyósi család 900-tól 1387-ig volt Siklós és a vár birtokosa. A család a kor egyik legbefolyásosabb nemzetségének, a Kán nemzetségnek egyik ága volt. A várat feltehetően az 1270-es évek környékén kezdhette el építeni Öreg Gyula unokája, Miklós vagy az ő fia, Gyula. A Soklyósi család folyamatosan részt vett a baranyai hatalmi küzdelmekben, aminek a Kőszegi család megjelenése vetett véget. A Kőszegiek 1315-ben megostromolták a várat, de nem sikerült bevenniük. A Soklyósiak később sem fejezték be a hatalmaskodást, melynek következtében Luxemburgi Zsigmond magyar király idejében a család kegyvesztett lett, minden rangjuktól és birtokaiktól megfosztották őket.

A birtokokat Kakas László és Pásztói János kapták meg, de 1395-től már a Garaié család birtokolta őket, akik Zsigmond király hívei és támogatói voltak. Ezekben az időkben Siklós és a siklósi vár központi helyet foglalt el az országban, az ország legerősebb várai közé tartozott, országos és európai elhatározások színhelye volt. A Garai család a XV. század elején kibővítette és modernizálta a vár védelmi rendszerét, a kastélyrészt pedig gótikus stílusúvá építtette át. Garai László fia utód nélkül halt meg 1481-ben, így a birtokok visszaszálltak a királyra.

Mátyás király fiának, Corvin Jánosnak adományozta a várat és a birtokokat, de ő 1494-ben Bajnai Both Andrásnak adta el. Both Andrástól és testvérétől 1507-ben Perényi Imre nádor vette el a várat, azok lázadása miatt. A Perényiek idején a várat jelentősen átépítették. A gótikus várkastélyt átalakították a reneszánsz stílusban. A Garaiak által épített elavult védműveket is korszerűsítették.

A törökök 1543-ban több napig tartó ostrom után foglalták el a várat és 143 évig birtokolták. A várat I. Lipót király idejében, 1686-ban foglalták vissza a törököktől. Aeneas Sylvius Caprara gróf, volt császári tábornagy, aki a harcokban részt vett, jutalmul kapta meg a várat 1698-ban. Örökösei 1728-ban eladták a birtokot Batthyány Ádám gróf özvegyének, Strattman Eleonórának. A Batthyány család a XVIII. század folyamán barokk szellemben építtette át a várkastélyt, de a védműveket már nem modernizálták.

A várat és a hozzá tartozó birtokokat Benyovszky Lajos pozsonyi ügyvéd vásárolta meg a Batthyány családtól 1873-ban. A család átalakíttatta a belső tereket és berendezte a vár addig üresen álló termeit. 1929-ben műemlékké nyilvánították a várat. Benyovszky Móric felesége, Batthyány Lujza grófnő 1944-ben eladta a várat a Honvéd Kincstárnak.

A várat egy ideig a Lengyelország német és szovjet megszállása után 1939-ben Magyarországra menekült lengyel tisztek és katonák számára internáló táborrá alakították, majd a háború későbbi időszakában ideiglenesen néhány szövetséges pilótát tartottak itt fogva. Az 1950-es évek közepéig üresen, megrongálva, kifosztva állt az épület. Felújítása 1956-ban kezdődött, múzeumot, szállodát, éttermet létesítettek benne. A rendszerváltás után a várból kiköltözött az addig ott lévő szálloda és turistaszálló. 2010 júliusa és 2011 szeptembere között teljesen felújították a várat, sor került a barbakán, a felhajtóhíd, a Kanizsai Dorottya-kert és a várkápolna belső tereinek rekonstrukciójára, továbbá az egykori parkoló helyén egy XXI. századi igényeknek megfelelő Látogatóközpont kialakítására. A megközelítése ennek megfelelően nagyon egyszerű és kényelmes. A várban rengeteg látnivaló van és többféle kiállítást is megtekinthetünk, pl.: bútor-, vár- és hadtörténeti kiállítást is, de akár egy panoptikumot is. Benézhetünk a várkápolnába, a várbörtönbe és bejárhatjuk a várkertet is.