A falu (Ecsér) neve már egy 1082. évi oklevélben is szerepel, mely feltehetően hamisított volt. Az első hiteles említés 1329-ből ismert, amikor határjelölésként említik az ecséri Benedek nemes földjét. A falu papjáról az 1333-ban (néhol 1334), templomáról pedig az 1353-ban keltezett oklevelek tesznek először hiteles említést. A templom építéséhez valószínűleg felhasználták egy korábbi épület maradványait, annak alapjaira épült, az építőkövek között római kori maradványok is találhatóak. A templom a XIII. században az eredetinél nagyobb tornyot kapott, valószínűleg kősisakkal. A XIV. században külső támpillérekkel erősítették a falakat. 1430 körül a falu kegyura, Ecséri László királyi altárnokmester búcsúengedélyt szerzett a templomnak és az épületet gótikus stílusban átalakíttatta. Ekkor bővült sekrestyével és előcsarnokkal a templom. Ebben az időben bővült a plébánia is, elkészült a Szent Kristóf freskó, valamint a XV. század második felében felépült az osszárium (csontház).

A települést a 16. században (1548) a törökök feldúlták, felégették, lakóit elhurcolták. Az elnéptelenedett falu temploma elkezdett pusztulni, a romok egy részét a környékbeli emberek szokás szerint széthordták. A torony 1933-ban omlott le.

A romot először Rómer Flóris írta le 1861-ben. Az Országos Műemlékvédelmi Felügyelőség 1962-ben Sz. Czeglédi Ilona régész irányításával feltárta az egykori falut és templomromját, majd a 1963-ban a templomromot Koppány Tibor tervei alapján részleges kiegészítésekkel helyreállíttatta. Újabb felújítására a millenniumi program keretében 1999-2000-ben került sor.