Az apátság maradványai a Pilist és a Visegrád-hegységet elválasztó törésvonal kiöblösödésében, a névadó Pilis-hegy – mely a Dunántúli-Középhegység legmagasabb hegye (755,5 méter) – lábánál fekszenek. A pilisi ciszterci apátságot III. Béla alapította 1184-ben, anyakolostora a franciaországi Acey-ben található. A kolostort egy Árpád-kori település mellett építették, egy időben az esztergomi székesegyházzal és palotával. Az építkezések 1225 körül, a templom Szűz Mária tiszteletére történő felszentelésének idejére fejeződtek be. A kolostor mellett Árpád-házi királyaink vadászházát is megtalálták a feltárások során, mivel a környező erdők a király vadászterületei voltak. III. Béla és utódai valószínűleg királyi temetkezőhelynek szánták a királyi székhelyhez, Esztergomhoz közel lévő ciszterci kolostort, aminek egyik bizonyítéka, hogy itt temették el II. András király (1205-1235) első feleségét, az 1213. szeptember 28-án merénylet áldozatává váló Meráni Gertrúdot, kinek történetét Katona József örökítette meg a Bánk bánban.

1526-ban, a mohácsi csatát követő időkben a kolostor is megrongálódott, a szerzetesek elmenekültek, teljesen elnéptelenedett, pusztulni kezdett. Köveit a környékbeliek széthordták és az esztergomi vár építéséhez is felhasználták. A csekély maradványokat fából készült tető védi az időjárás ellen. Később a ciszterci és pálos rend között vita tárgyát is képezte.

1913-ban Gerecze Péter kezdte meg a ciszterci apátság romjainak feltárását, majd az 1967-ben kezdődött, a 80-as évekig tartó feltárást Gerevich László irányította.